Im Rahmen der zweiten Intifada wurde der bewaffnete palästinensische Widerstand zunächst von unabhängigen Milizen und Untergrundgruppen wie Hamas oder Islamischer Jihad getragen, die kaum dem Befehl von Palästinenserpräsident Arafat folgen. Im undurchsichtigen Milieu von Geheimdiensten, politischen und kriminellen Gruppierungen spielten zunehmend aber auch einzelne Mitglieder der regulären 30000 Mann starken offiziellen palästinensischen Sicherheitskräfte eine Rolle. Arafat übte je nach internationaler Lage diesen Gruppen gegenüber Druck aus oder beschränkte sich auf wohlwollende Neutralität. Dies ist der Hauptgrund dafür, dass die israelische Regierung die PNA für alles verantwortlich macht, was diese Gruppen unternehmen. Je länger die Intifada andauerte, ohne dass Arafat politische Erfolge gegenüber Israel vorweisen konnte, desto geringer wurde seine Fähigkeit, diese Gruppen militärisch zu kontrollieren oder zu mäßigen.Die Hamas entstand als palästinensischer Zweig der ägyptischen Moslembruderschaft nach dem Sechs-Tage-Krieg von 1967 als islamisch-fundamentalistische, zunächst sozial-religiöse Palästinenserorganisation. Militant wurde sie erst 1987 nach Ausbruch der ersten Intifada. Ziel der Hamas ist laut ihrer Charta von 1988 ein islamischer Staat auf dem gesamten Territorium des historischen Palästina mit Jerusalem als Hauptstadt. Daher lehnt sie die Autonomieabkommen mit Israel ab; jeden Verzicht auf »heiligen Boden« betrachtet sie als Verstoß gegen den Glauben. Hamas hat ihren Hauptsitz im autonomen Gaza-Streifen. Ihr Gründer und religiöser Führer, Scheich Ahmed Jassin, verbüßte seit 1989 eine lebenslange Freiheitsstrafe in Israel wegen eines Aufrufs zur Tötung palästinensischer Kollaborateure. Er wurde am 1.10.1997 freigelassen und nach Jordanien abgeschoben. Als politischer Führer von Hamas gilt heute Ibrahim al-Makadmah. Terroranschläge auf Israelis wurden von ihrem militärischen Arm, den 1988 gegründeten al-Kassem-Brigaden, ausgeführt.
Islamischer Jihad (Heiliger Krieg) ist eine 1983 gegründete militant-fundamentalistische Palästinenserorganisation, die ebenfalls die Schaffung eines Palästinenserstaats und die Vernichtung Israels zum Ziel hat. Sie steht nach der Ermordung von Fathi Shakaki am 29.10.1995 durch den israelischen Geheimdienst Mossad unter der Führung von Ramadan Abdallah Shallah, operiert von Syrien aus und wird vom Iran finanziell unterstützt. Sie verübte zahlreiche Anschläge gegen Israelis und will den »heiligen Krieg« gegen Israel »bis zum jüngsten Tag« fortsetzen.
Seit Januar 2001 wurde offensichtlich auch die südlibanesische Hizbullah im Gaza-Streifen aktiv. Obwohl dies von Hizbullah dementiert wurde, waren sie nach israelischen Meldungen seit Dezember 2000 bemüht, enge Kontakte zu Mitgliedern der palästinensischen Polizei und anderen Milizen aufzubauen. Der am 13.2.2001 von Israel getötete Masoud Ayyad galt als Verbindungsmann der Hizbullah in Gaza. Neben diesen radikal-fundamentalistischen Milizen waren auch Ableger der die PLO tragenden Fatah-Bewegung zunehmend in die Kämpfe verwickelt. Tanzim (arabisch für »Organisation«) ist eine paramilitärische Einheit der Fatah-Bewegung von Arafat. Als ihr Führer gilt Marwan Barghuti, Generalsekretär der Fatah für Westjordanland. Tanzim bietet Kurse für militärische Ausbildung und Zivilschutz für die meist jugendlichen Kämpfer der Intifada an. Angeblich verfügt sie über Zehntausende Mitglieder und ebenso viele Waffen. Ihr Rückgrat bilden Aktivisten der ersten Intifada und ehemals in Israel inhaftierte politische Häftlinge. Die Tanzim ist in Wohnvierteln, Dörfern und Flüchtlingslagern auf lokaler und regionaler Ebene organisiert. Aus Arafats Fatah-Bewegung rekrutierten sich auch die so genannten Märtyrerbrigaden von al-aksa, die die Verantwortung für verschiedene Selbstmordattentate übernahmen. Schließlich rückte Arafats in Ramallah angesiedelte Leibgarde Force 17 zunehmend in den Mittelpunkt israelischer Kritik, da sie Sprengsätze selbst legen oder unter Milizionären verteilen würden. Weder Tanzim noch Force 17 befanden sich jemals in Opposition zur Autonomiebehörde. Aus palästinensischer Perspektive wird ein deutlicher Unterschied zwischen Anschlägen gegen Zivilisten auf israelischem Territorium und bewaffneten Aktivitäten gegen israelische Sicherheitskräfte und Siedler in den Autonomiegebieten gemacht: Da die Siedlungsaktivität völkerrechtlich illegal ist und damit der gewaltsamen Besetzung dieser Gebiete durch Israel dient, betrachten sie Angriffe und Attentate auf Siedler nicht als Terrorismus, sondern als Teil des nationalen Befreiungskampfes. Diese Aktivitäten werden daher z.B. auch von Tanzim unterstützt, während Attentate auf israelischem Territorium ausschließlich auf das Konto von Hamas, Jihad oder al-aksa-Aktivisten gehen.
