Zu Beginn des Jahres 2001 wurde El Salvador von einer verheerenden Erdbebenkatastrophe heimgesucht. Zunächst forderte am 13.1. ein Beben von der Stärke 7,6 auf der Richterskala 827 Menschenleben, wobei die Provinzen La Libertad, westlich der Hauptstadt San Salvador, und Usulutan im Osten des Landes am schwersten betroffen waren. Starke Winde und heftige Regenfälle verschärften die Situation in den betroffenen Regionen. Die Energie-, Kommunikations- und Verkehrsinfrastruktur in der Hauptstadt und in anderen Landesteilen brach nahezu völlig zusammen. Präsident Francisco Guillermo Flores rief den nationalen Notstand aus und bat um internationale Unterstützung. Am 13.2. bebte die Erde zum zweiten Mal. Bei den neuen Erdstößen mit einer Stärke von bis zu 6,6 auf der Richterskala kamen über 300 Menschen ums Leben, rund 1700 wurden verletzt. Am schwersten betroffen war diesmal die Gegend um die Stadt San Vincente. Die Bilanz beider Erdbeben und vieler schwächerer Nachbeben belief sich auf insgesamt 1259 Tote und 8964 Verletzte. 1,5 Mio. Einwohner verloren ihre Wohnung, über 330000 Häuser wurden zerstört. Der materielle Schaden wurde auf über 1,6 Mrd. US-$ geschätzt. Durch die Naturkatastrophe wurde das sowieso schon von einer schwerwiegenden Wirtschaftskrise gebeutelte Land noch weiter zurückgeworfen. Der Anteil der unter dem Existenzminimum lebenden Personen an der Gesamtbevölkerung stieg nach den Beben von 47,5 auf 51,1 Prozent.Nach ersten Soforthilfen von Weltbank, EU, vielen Einzelstaaten und multinationalen Organisationen beschlossen die sechs wichtigsten europäischen Geberländer am 8.3. in Madrid die Zahlung einer Wiederaufbauhilfe in Höhe von 1,3 Mrd. US-$. Durch die Weltbank und die Interamerikanische Entwicklungsbank wurden Kredite in Höhe von 700 Mio. US-$ zur Verfügung gestellt. Auch die EU versprach am 13.3. weitere acht Mio. US-$ als Wiederaufbauhilfe.
Nach dem Erdbeben wurde der Verdacht geäußert, die politischen Kontrahenten im Land – die konservative Arena-Partei von Staatspräsident Flores und die ehemalige Linksguerilla FMLN – würden die Katastrophenhilfe für ihre jeweiligen Zwecke instrumentalisieren. Zudem warfen zahlreiche Nichtregierungsorganisationen und Vertreter von Kirchen der Regierung vor, sie habe zu wenig für die Katastrophenvorsorge getan. Tausende von Obdachlosen seien auch Tage nach dem Beben immer noch ohne jegliche Hilfe gewesen. Auch in der Bevölkerung wuchs der Unmut. So ging am 27.2.2001 die Polizei gegen 500 Erdbebengeschädigte vor, die vor dem Sitz des Katastrophenschutzkomitees in San Salvador schnellere Hilfe und eine intensivere Bekämpfung der erdbebenbedingten Armut durch die Behörden forderten.
