Nach dem Scheitern der Waffenstillstandsverhandlungen im August 1997 halten die Kämpfe zwischen der Tutsi-dominierten Armee und den Hutu-Rebellen zunächst an. Bis Ende 1997 scheint sich der bürgerkriegsähnliche Zustand soweit zu normalisieren, daß die Hälfte der in Wehrdörfer umgesiedelten Landbevölkerung, etwa 150 000 Menschen, in ihre Heimat zurückkehren kann. Der Regierung war von Menschenrechtsorganisationen die Zwangsumsiedlung der Hutu-Bevölkerung in die spannungsreichsten Gebiete vorgeworfen worden. Der UN-Menschenrechtskommissar Sergio Pinheiro spricht nach einer Reise durch B. im Dezember 1997 von verbessertem Verhalten der Armee und einer Neubewertung der Lage.

Am 1.1. 1998 werden bei einem Angriff von ca. 1000 Hutu-Rebellen auf ein Militärlager in der Nähe der Hauptstadt Bujumbura etwa 280 Menschen getötet, nach offiziellen Angaben mehrheitlich Frauen und Kinder. Am 5.1. sterben 40 Menschen bei zwei Überfällen auf Dörfer im Westen Ruandas. Nach einem weiteren Angriff am 6.1. auf ein Dorf in der Nähe Bujumburas fliehen ca. 15 000 Menschen in die Hauptstadt. Am 11.1. kommt es zu heftigen Kämpfen zwischen Armee und Rebellen, die sich gegenseitig Massaker an der Zivilbevölkerung vorwerfen.

Die Wirtschaftssanktionen der Nachbarstaaten gegen B. werden auf einem Gipfel in Uganda am 21.2. bestätigt. Am 24.3. richtet das Welternährungsprogramm (WFP) eine Luftbrücke nach Burundi ein, um 37 000 unterernährte Kinder zu versorgen. Anfang April fliehen mindestens 6000 Menschen aus B. in die Demokratische Republik Kongo. - Am 11.6. wird Major Pierre Buyoya nach achtmonatigen geheimen Verhandlungen als Präsident einer Übergangsregierung anerkannt. Anstelle des Ministerpräsidenten werden zwei Vizepräsidenten ernannt. Der erste Vizepräsident Frédéric Bamvuginyumvira und neun Minister sind Mitglieder der Hutu-Partei Front für die Demokratie Burundis (FRODEBU). Vorher hatte Buyoya nach Verhandlungen mit der FRODEBU eine Übergangsverfassung gebilligt.

Am 15.6. beginnen in Arusha (Tansania) Friedensverhandlungen, an denen neben Buyoya auch der Vorsitzende der Guerillaorganisation Nationalrat für die Verteidigung der Demokratie (CNDD), Léonard Nyangoma, teilnimmt. Am 21.6. wird ein Waffenstillstand vereinbart, der spätestens am 20.7. in Kraft treten soll, aber nicht eingehalten wird. Nach Vermittlung des ehemaligen tansanischen Präsidenten Julius Nyerere findet ab 22.7.die zweite Runde der Friedensverhandlungen statt, die am 2.8. bis zum 12.10. vertagt wird.

Seit Ausbruch des Bürgerkrieges 1993 haben in Burundi mehr als 200 000 Menschen einen gewaltsamen Tod gefunden.

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