Nach einem Militäraufstand im Juni 1998 befindet sich das Land im Bürgerkrieg. Mehrere Friedensabkommen werden nicht umgesetzt. Präsident João Bernardo Vieira, wird nur von wenigen Einheiten der Regierungsarmee und Truppen aus dem Senegal und Guinea unterstützt. Die Putschisten unter der Führung des ehemaligen Generalstabschefs Ansumane Mané bestehen auf dem Abzug der ausländischen Truppen. Den Aufständischen gelingt es im September und Oktober 1998, die Städte Bafata, Gabu und große Teile der Hauptstadt Bissau zu erobern. Ende Oktober 1998 hält Vieira nur noch Teile Bissaus.

Am 2.11. wird auf dem Gipfeltreffen der Wirtschaftsgemeinschaft Westafrikanischer Staaten (ECOWAS) in Abuja (Nigeria) ein Friedensplan ausgehandelt, der die Entsendung der westafrikanischen Friedenstruppe (ECOMOG) vorsieht. Die Umsetzung des Abkommens und die Bildung einer neuen Regierung verlaufen nur zögerlich. Mitte Dezember verlangen 54 der 100 Parlamentsabgeordneten den Rücktritt Vieiras.

Nach weiteren Kämpfen am 31.1. 1999 wird am 3.2. erneut ein Waffenstillstandsabkommen unterzeichnet. Erst danach ist die Stationierung von 600 Mann der ECOMOG-Truppen und die Bildung einer Übergangsregierung unter Ministerpräsident Francisco Fadul möglich. Wahlen werden für November 1999 in Aussicht gestellt.

Am 7.5. wird Präsident Vieira abgesetzt. Die Rebellen werfen ihm vor, das Friedensabkommen angeblich nicht eingehalten zu haben, da er zu viele Soldaten für seine Leibgarde rekrutiert habe. Der Präsidentenpalast wird gestürmt und in Brand gesteckt; es kommt zu Plünderungen, von denen auch Botschaften betroffen sind. Mehr als hundert Menschen werden getötet. Vieira, der in der portugiesischen Botschaft Zuflucht gesucht hat, wird in Portugal Asyl gewährt. Alle ausländischen Truppen, auch die ECOMOG, die im übrigen nicht in die Kämpfe eingegriffen hat, werden aufgefordert, das Land zu verlassen.

Die Übergangsregierung unter Fadul bleibt im Amt; Parlamentspräsident Malam Bacai Sanha wird am 11.5. zum neuen Präsidenten ernannt. Mit einer Zweidrittelmehrheit verabschiedet das Parlament am 7.7. eine neue Verfassung; sie sieht u.a. vor, daß die wichtigsten Staatsämter nur von Personen eingenommen werden dürfen, deren Vater und Mutter Staatsbürger Guinea-Bissaus sind; der Präsident, Amtszeit fünf Jahre, darf sich nur einmal zur Wiederwahl stellen; die Todesstrafe wird abgeschafft.

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