Johannes Paul II. hat am 12. März als erster Papst der Geschichte ein umfassendes Schuldbekenntnis ("Mea culpa") für die Sünden der Kirche abgelegt. Bei einem Gottesdienst im Petersdom gab er ein umfassendes Eingeständnis von Verfehlungen ab, die Christen und ihre Repräsentanten in der 2000-jährigen Kirchengeschichte gegenüber Juden, Andersgläubigen, Schwachen und Armen begangen haben. Er sagte: "Christen haben häufig das Evangelium verleugnet und der Logik der Gewalt nachgegeben."

Johannes Paul II. ging nicht ausdrücklich auf das öffentliche "Schweigen" des Vatikans zum Holocaust ein. Zur Jahrhunderte langen Judenfeindlichkeit in der Kirche sagte er: "Wir sind zutiefst betrübt über das Verhalten aller, die im Laufe der Geschichte deine Söhne und Töchter leiden ließen. Wir bitten um Verzeihung." Zum Thema Kreuzzüge und Glaubenskriege sagte der Papst: "In manchen Zeiten der Geschichte haben die Christen bisweilen Methoden der Intoleranz zugelassen. Indem sie dem großen Gebot der Liebe nicht folgten, haben sie das Antlitz der Kirche entstellt."

Das Reuegebet, das in sieben Kapitel unterteilt war, verurteilte auch die Verfehlungen der Kirchenspaltungen. Mit Blick auf Gräuel wie Sklaverei und Zwangs-Evangelisierungen in der Dritten Welt heißt es: "Die Rechte von Stämmen und Völkern haben sie (die Christen) verletzt, deren Kulturen und religiöse Traditionen verachtet." Der Papst ging auch auf die Verletzung der Würde der Frau, Diskriminierung und Rassenhass ein: "Auch die Christen haben sich schuldig gemacht, indem sie Menschen ausgrenzten und ihnen Zugänge verwehrten. Sie haben Diskriminierungen zugelassen auf Grund von unterschiedlicher Rasse und Hautfarbe." Auch hätten sich Christen nicht immer genügend um Hungernde, Verfolgte und Gefangene gekümmert. Dem Papst ging es dabei nicht nur um historische Schuld, sondern auch um "Sünden der Gegenwart". Allerdings sprach er nicht von der Schuld der Institution Kirche, sondern von Verfehlungen einzelner "Söhne der Kirche".

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