Chissano, Generalsekretär der regierenden FRELIMO, erreichte damit nahezu das gleiche Ergebnis wie vor fünf Jahren, als er auf 53,3 Prozent kam. Sein Gegenkandidat Afonso Dhlakama erhielt 47,7 Prozent der Stimmen und erhöhte damit seinen Anteil um 14 Prozent gegenüber 1994.
Die seit den ersten freien Wahlen 1994 regierende Frente de Libertação de Moçambique (FRELIMO) konnte ihre Stimmenanteile von 44,8 Prozent (und 129 Sitzen) auf 48,5 Prozent (und 133 Sitze) ausbauen, erreichte jedoch nicht die angestrebte Zweidrittelmehrheit. Die Resistência Nacional Moçambicana (RNM) kam auf 38,8 Prozent der abgegebenen Stimmen und 117 Sitze im 250 Abgeordnete zählenden Parlament Mosambiks. Sie konnte ihren Stimmenanteil leicht um ein Prozent verbessern. Die Wahlbeteiligung lag nur noch bei 68,1 Prozent. Vor fünf Jahren waren noch 84,5 Prozent der Wähler an die Urnen gegangen.

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